Igen értékes berendezése a templom kórusának az orgona. A legrégibb orgonát, melyről tudomásunk van, 1659-ben vásárolta Brassóban P. Kájoni János Eperjesi János orgonakészítő mestertől. az 1661-es tatárdúláskor a részben elégett orgonát maga P. Kájoni János javította ki 1664-ben. Még más helyen is épített kis orgonát, amiért is önmagát Fráter Páter Joannes Kajoninak, organista et organifabernek titulálta (jelentése: ... orgonista és orgonakészítő).
A régi orgonát P. Simon Jukundián 1858-59-ben cserélte ki. Készítője Kolonics István, kézdivásárhelyi orgonaépítő volt. Alapjánban véve ez egy két manuálos, pedálos, 24 szólóvátozattal ellátott, elég nagynak számító orgona volt.
A mostani orgonát Geyer József, a budapesti zeneművészeti főiskola tanára tervezte. A beépítést a temesvári Wegenstein Lipót Fiai cég eszközölte 1931-ben. Három manuállal, sugár alakú pedállal van alkotva. Eredetileg 36 szólóváltozata volt, amelyből 4 nyelvsíp.1990-ben generáljavítást és átalakítást végzett rajta Dr.Walter Kindl, a temesvári alsóvárosi dóm karnagya, Hermann Binder, nagyszebeni orgonaépítő mérnök közreműködésével. Most már 40 szólóváltozattal rendelkezik az orgona és 2824 síppal. Az ország egyik legkorszerűbb, szép hangú orgonájaként tartják számon.